Su sebili temizliği cihazın elektrik yapısına sahip olması nedeniyle son derece dikkatli bir biçimde yapılmalıdır. Temizlik için genel bir temizleyici sıvı hazırlanarak su sebili bakımı işlemine başlanır. Cihazın temizlenmesi aşamasında ilk olarak cihaz prizden çekilir. Temizleme sıvısının bir sünger aracılığıyla sebil şişesinin çıkarıldığı bölgeyi temizlemesi sağlanır. Yaklaşık olarak 5 dakika bekledikten sonra temizleme sıvısı su sebili içerisine başka bir kap içinde akacak şekilde düzenleme yapılır. Sebilde sıcak ve soğuk olmak üzere iki farklı kanal olması durumunda soğuk su kanalı tercih edilebilir. Bu işlemlerin ardından yaklaşık 5 defa normal su ile durulama işlemi yapılır. Sebil temizliğinde temiz su sebilin yukarısından soğuk su kanalına boşaltılır ve aşağı tarafta bir kapta akış sağlanarak durulama işlemi gerçekleştirilmiş olur.
Sebilin temizliği sürecinde çamaşır suyu ve sirke gibi maddeler kullanılabileceği gibi ozon gibi profesyonel yöntemler de tercih edilebilir. Ozon ile yapılan temizlik özellikle oluşan yoğun bakteri ve mikropları engellemek için kullanılır. Ozonla dezenfekte yapma işlemi yaklaşık olarak 90 günlük periyotlar içerisinde gerçekleştirilebilir. Ozonla yapılacak olan su sebili temizliği genel olarak bulunulan alanda gerçekleştirilir. Sebilin taşınmasına ya da başka bir alana götürülmesine ihtiyaç duyulmaz.