Su sebillerinde oluşan kokuların birden fazla nedeni vardır. Su sebillerinde birikmiş artıkların olması ya da yosunlaşmalar koku oluşumunun en önemli nedenleri arasındadır. Bununla birlikte sebil içerisinde uzun zaman bekletilmiş su da kokuya neden olur. Koku nedeniyle sebilde detaylı bir temizlik yapılması zorunludur. Sebilde temizlik yaparken özellikle sıcak su bölümü dikkatli bir biçimde temizlenmelidir. Aksi bir durumda bu bölümde çamaşır suyu ya da farklı atıkların bulunmasıyla koku oluşumu hızlanabilir. Bu nedenle temizlik esnasında bu bölüm sadece sıcak su ile yıkanır ve daha sonra kapatılır.
Temizlik esnasında sebilin herhangi bir parçasının nemli kalmaması koku hijyeni sağlamak açısından önemlidir. Bol su ile durulama ve gerekli temizlik malzemeleri sayesinde su sebilleri kokulardan arındırılmış olur.